Software GENEIOUS k dispozici

Vážení přednášející, badatelé a studenti,

v rámci projektu Molekularizace biologických oborů PřF se nám podařilo získat finanční prostředky a ve výběrovém řízení vybrat software Geneious novozélandské firmy Biomatters, který jsme nyní aktivovali a který můžete využívat na počítačích, které jsou v sítích Přírodovědecké fakulty JU a Biologického Centra AVČR. Jedná se o komplexní platformu, která umožňuje správu a velmi bohatou analýzu sekvencí DNA a proteinů – od prohlížení sekvencí, přes navrhování primerů, klonování, srovnávání a tvorbu stromečků až po skládání genomů z NextGen sekvenování (více o softwaru zde).

Hlavním důvodem nákupu tohoto softwaru pro celou PřF a BC je inovace vzdělávání, tj. chceme mít možnost seznámit studenty, kteří využívají jakýmkoliv způsobem molekulárně biologické přístupy, se softwarem, který jim takovou práci umožní. Pokud již studenty seznámíme na nějakém molekulárně zaměřeném kurzu/praktiku se softwarovým nástrojem, chceme, aby student pak měl možnost ten samý nástroj využívat i v laboratoři, ve které pracuje. Toto je hlavní smysl této aktivity. Nikomu samozřejmě tento software nenutíme, pokud preferujete jiný, žádný student nebude nikdy penalizován za to, že bude chtít používat jiný software, jen nebudeme schopni zajistit adekvátní výuku, bude to na samotném studentovi či jeho školiteli, co se naučí.

Software je k dispozici na PřF a BC formou tzv. serverových licencí (floating nebo concurrent licenses), kterých máme k dispozici 40, což znamená, že ve stejnou dobu může být software v plném módu (Geneious Pro) používán max. na 40 počítačích v rámci PřF a BC. Ve chvíli, kdy si Geneious na svém počítači zapnete, zablokuje si jednu licenci na serveru. Tuto licenci dáte opět k dispozici ve chvíli, kdy program vypnete. Program také funguje v základní verzi Geneious Basic, která vám umožňuje si prohlížet vše, co jste si kdy uložili a zanalyzovali. Tento basic mód je naprosto nezávislý na licenci, program si můžete v tomto módu pustit kdykoliv a kdekoliv (třeba doma), pokud by serverová licence nebyla v danou chvíli k dispozici, můžete fungovat alespoň v tomto Basic módu. Je těžké odhadovat, jak moc bude těchto 40 serverových licencí vytíženo (už jen proto, že mi skoro nikdo neodpověděl kdysi na dotaz, na kolika počítačích by jste případně měli zájem software používat, těm asi 6 lidem za odpověď děkuji!) – to zjistíme, je možné, že chvíli to bude v pohodě (než si to všichni zájemci nainstalují), pak dojde k velkému vytížení (často se k licenci nedostanete – než se všichni nabaží hraní si se softwarem) a po nějaké době, až si to vše sedne, uvidíme, jak to bude fungovat. Zde upozorňuji, že největším problémem budou ti uživatelé, kteří si ráno zapnou program, pak ho celý den bez užitku nechají běžet, zapomenou se a blokují licenci. Proto prosím, vypínejte program nebo dejte k dispozici licenci, když nebudete potřebovat Pro verzi, jen si prohlížíte – v menu “Pro” dáte “Release Licenses”. Pokud se stane problémem neustálá vytíženost licencí, budeme muset koupit manažer, který zatočí s chronickými nevypínači (třeba po 20 min nečinnosti vás odpojí). Zároveň bych znovu připomněl výše uvedený důvod nákupu, tj. inovace vzdělávání – pokud bude problém s vytížeností serverových licencí – doporučím uživatelům, kteří budou software využívat extrémně hodně (několikadenní analýzy v kuse), aby si zakoupili sami pro sebe tzv. “Single User License” – tento software je relativně levný – akademická licence stojí 795 USD a studentská 395 USD (můžete si naistalovat až na tři své! počítače – licence je na uživatele). Cílem nákupu nebylo umožnit dělat špičkové výzkumy laboratořím za peníze projektu molekularizace – ale dejme tomu čas, možná to vůbec nebude problém.

Školení – software je celkem intuitivní, má fantastické “tutorials” (které připravují sami uživatelé, často špičky ve svém oboru), čili ledacos se naučíte sami. Rádi bychom uspořádali přímo s firmou Biomatters Webinar o používání (dáme vědět), ale software je tak rozsáhlý, že je těžké školení zaměřit. Každopádně chceme v rámci molekularizace pořádat školení v rámci kurzů a nebo zaměřená na určité nástroje – o nich budeme informovat.

JAK INSTALOVAT?
1. Stáhněte si software – zde (http://www.biomatters.com/web/geneious/download-geneious) a nainstalujte na počítač.
2. Aktivujte si serverovou licenci – v menu Pro vyberte “Activate Geneious Pro” a zaškrtněte políčko “Use License Server” a vyplňte Server: 160.217.210.3 a Port: 27001 (viz obrázek)
Pokud budete mít problém, kontaktujte pana Čečáka - cecak@prf.jcu.cz

Hodně štěstí a úspěchů s používáním softwaru!

Tomáš Doležal