Oborník Lab

Laboratoř molekulární taxonomie (M.Oborník)

Laboratoř molekulární taxonomie (LMT) byla založena v roce 2000 jako společné pracoviště Parazitologického ústavu AV ČR (dnes součást Biologického centra AVČR, v.v.i.) a Biologické fakulty Jihočeské university v Českých Budějovicích (dnes Přírodovědecká fakulta tamtéž). Laboratoř je určena ke studiu molekulární evoluce jednobuněčných eukaryot, zejména těch, kteří prošli procesem sekundární endosymbiózy. LMT je podporována z grantů České grantové agentury a Ministerstva školství.

Noví prvoci z korálů

Nová skupina fotosyntetických alveolát byla izolována z tvrdých korálů Robertem Moorem (University of Sydney, Austrálie). Ve spolupráci s ním jsme pracovali na molekulární charakterizaci a fylogenezi tohoto organismu, stejně jako na charakterizaci a původu jeho organel. Nová řasa byla pojmenována Chromera velia a dala základ pro ustavení nového kmene v rámci Alveolata, Chromerida (Moore, RB, Oborník M, et al., 2008, Nature).

Genomika rozsivek a ostatních chromalveolát

Řada jednobuněčných fotoautotrofních eukaryot (mapř. rozsivky, heterokonta, skrytěnky, obrněnky, eugleny, ale i paraziti kmene Apicomplexa) obsahuje komplexní plastid, o kterém se předpokládá, že se vyvinul z pohlcené eukaryotické řasy v procesu sekundární endosymbiózy. Pracovníci LMT se podíleli na anotaci genomu centrické rozsivky Thalassiosira pseudonana (Armrust et al., 2004, Science) a penátní rozsivky Phaeodactylum tricornutum (Bowler et al., 2008, Nature). Zároveň byl MO přizván k anotaci genomů skrytěnky Guillardia theta a chlorarachniophyta Bigelowiella natans.

Mosaikové biosyntetické dráhy a evoluce eukaryot

V rámci prvního genomového projektu na rozsivkách se nám podařilo identifikovat řadu metabolických drah lokalizovaných v plastidu. Překvapivě, ne všechny jaderně kódované proteiny, které jsou posttranslačně importovány do plastidu jsou cyanobakteriálního původu, jak by se dalo předpokládat. Je zřejmé, že plastidy mohou využívat enzymy, které nepocházejí z cyanobakterií, ve svém metabolismu. Ukázali jsme, že původní jaderně kódované geny pro proteiny cyanobakteriálního původu mohou být vyměněny za své cytosolické či mitochondriální homology, které jsou pak cíleny do plastidu, kde jsou používány. Je jasné, že sekundární endosymbióza zásadně ovlivnila složení a lokalizaci některých metabolických drah (Oborník and Green, 2005, Mol. Biol. Evol. ; Jiroutová et al., 2007, J. Mol. Evol.; Coesel et al., 2008, PLoS ONE).

 

 

Detail


Lidé

Seznam lidí laboratoře: Oborník Lab

Detail


Publikace

Seznam publikací laboratoře: Oborník Lab

Detail